在校准过程中，如果发现厦门轴承组装检测设备存在问题，应该采取以下步骤进行处理：

　　立即停止使用设备：首先，要立即停止使用该设备，以防止进一步的问题或损坏。

　　检查问题：详细检查设备，确定问题的具体性质和原因。这可能包括轴承的组装、润滑、磨损、过热等问题。

　　记录问题：详细记录问题的具体情况，包括发生的时间、轴承组装检测设备的使用情况、问题的具体表现等。这将有助于后续的分析和处理。

　　联系供应商或制造商：根据问题的性质和严重程度，可能需要联系设备的供应商或制造商。他们可能能够提供解决方案，或者帮助诊断和修复问题。

　　修复或更换设备：根据问题的原因，可能需要对轴承组装检测设备进行修复或更换。如果设备在保修期内，可以考虑联系供应商进行保修。如果设备已经过期，可能需要自行修复或更换。

　　重新校准：修复或更换设备后，需要重新进行校准，以确保设备的准确性和可靠性。

　　预防措施：为了防止类似问题的再次发生，需要采取相应的预防措施。这可能包括定期维护、保养设备，以及培训操作人员正确使用设备。

　　总之，在校准过程中发现轴承组装检测设备存在问题时，应立即停止使用设备，检查问题并记录，联系供应商或制造商，修复或更换设备，并重新进行校准。同时，采取预防措施以防止类似问题的再次发生。